В соответствии с Правилами, высший исполнительный орган государственной власти субъекта РФ обращается с инициативой о КРТ в Минстрой России с необходимыми сведениями, информацией и документами. Рассмотрение и согласование проекта КРТ осуществляет Правительственная комиссия по региональному развитию РФ.
Решение относится к полномочиям правительства Российской Федерации в следующих случаях: в границах территории расположены земельные участки исключительно федеральной собственности; для развития территории планируется привлечь средства федерального бюджета и/или осуществлять комплексное развитие будет юридическое лицо, созданное Российской Федерацией в целях реализации такого решения.